Knuckles macht widerwillig einen Handel mit Robotnik: Er soll ihm Sonic und seine Familie im Austausch für den Chaos Emerald liefern. Knuckles bedauert bald, dass er jemals dem bösen Diktator vertraute, nachdem Robotnik beginnt, die Igel zu robotisieren. Sobald Knuckles seine Freunde vor dem Untergang rettet, wartet eine größere Herausforderung auf sie.